Gedesby kirke er bygget i gotisk stil med spidsbuevinduer. Den er opført af munkesten og kalket hvid. Ved hovedrestaureringen i 1854 ved arkitekt O.M. Glahn forhøjede man murene.

Klokketårnet er bræddeklædt. I dets vindfløj ses årstallet 1722 og Frederik IV's spejlmonogram. Den har en flot nederlandsk fløjaltertavle fra 1573 med korsfæstelsesmotivet og to epitafier fra hhv. 1646 og 1690.
 
I Gedesby kirke står en barnekiste på loftet og venter på at få et barn med sig i graven. Barnet druknede under stormfloden i 1872, men blev aldrig fundet. I alt druknede 22 mennesker i Gedesby under stormfloden, og der blev fremstillet kister til dem alle. Men den lille pige var sporløst forsvundet. Inden man når ind til kirken, er der på stormflodsstenen et mærke, der viser vandstanden ved stormfloden. Læg hertil orkanhøje bølger, så er det egentlig ufatteligt, at alt og alle ikke blev havets bytte.
 
Det er kun muligt at bese kirken efter aftale med kirkeværgen.